রাজনীতির বিভিন্ন পর্যায়ে মোহাম্মদ নাসিমকে অনেকবার কারাবন্দি হতে হয়েছে। তাকে কারাঅভ্যন্তরে সহ্য করতে হয়েছে শারীরিক ও মানুষিক নির্যাতন। এইচএসসি পড়া অবস্থায় ১৯৬৬ সালে প্রথম কারাবরণ করেন মোহাম্মদ নাসিম।
এ বিষয়ে আওয়ামী লীগ নেতা তোফায়েল আহমেদ বলেন,পাকিস্তান সরকার কর্তৃক ভুট্টা খাওয়ানোর চেষ্টার বিরুদ্ধে পাবনা অঞ্চলে ‘ভুট্টা আন্দোলন’ সংগঠিত করলে পিতা এম মনসুর আলীর সঙ্গে কারারুদ্ধ হন। এক বছর পর মুক্তি পান।
এরপর ১৯৭৫ সালে সপরিবারে শেখ মুজিবুর রহমানকে হত্যা ও জাতীয় চার নেতার হত্যাকান্ডের পর গ্রেফতার করা হয়েছিল মোহাম্মদ নাসিমকে।
২০০৭ সালের ফেব্রুয়ারি মাসে সেনা সমর্থিত তত্ত্বাবধায়ক সরকারের অভিযানে আরো অনেক রাজনৈতিক নেতার সঙ্গে তাকেও গ্রেফতার করা হয়। সেই সময় অবৈধভাবে এক কোটি ২৬ লাখ টাকার সম্পদ অর্জন ও ২০ লাখ টাকার সম্পদের তথ্য গোপন করার অভিযোগে বাংলাদেশের দুর্নীতি দমন কমিশনের (দুদক) একটি মামলায় বিশেষ জজ আদালত ২০০৭ সালে মোহাম্মদ নাসিমকে ১৩ বছরের কারাদণ্ড দেয়।
মামলায় সাজা হওয়ার কারণে ২০০৮ সালের জাতীয় নির্বাচনে অংশ নিতে পারেননি মোহাম্মদ নাসিম। তবে ২০১০ সালে উচ্চ আদালত ওই সাজা ও মামলা বাতিল করে দেন।
তোফায়েল আহমেদ বলেন, ভয়-ভীতি উপেক্ষা করে প্রতিটি গণতান্ত্রিক আন্দোলনে মোহাম্মদ নাসিম ছিলেন সামনের সারির নেতা। বহুবার আইন-শৃঙ্খলা রক্ষাকারী বাহিনীর নির্মম হিংস্রতার ও অত্যাচার-নিপীড়নের শিকার হয়েছেন তিনি। ২০০৪-এর একুশে আগস্ট শেখ হাসিনাসহ আওয়ামী লীগ নেতৃবৃন্দকে হত্যার উদ্দেশে পরিচালিত নারকীয় গ্রেনেড হামলায় তিনি গুরুতর আহত হন। আদর্শ থেকে বিচ্যুত হননি, কোনদিন অন্যায়ের কাছে নতি স্বীকার করেননি।
