বিস্ফোরক আইনের মামলায় গ্রেপ্তারের পর থেকে তিনি রাজশাহী কেন্দ্রীয় কারাগারে আটক ছিলেন।
রাজশাহী কেন্দ্রীয় কারাগারের ডেপুটি জেলার হানিফ আহমেদ বলেন, বিশেষ ক্ষমতা আইন ও বিস্ফোরকদ্রব্য আইনে দায়ের করা মামলায় গত ৭ নভেম্বর থেকে কারাগারে বন্দি ছিলেন মনিরুল ইসলাম। সোমবার সকালে হঠাৎ তিনি অসুস্থ বোধ করেন। এরপর প্রথমে তাকে কারা হাসপাতালে নিয়ে যাওয়া হয়। সেখানে অবস্থার অবনতি হলে সকাল ১০টা ২৫ মিনিটে কারা হাসপাতাল থেকে দ্রুত রাজশাহী মেডিকেল কলেজ হাসপাতালের জরুরি বিভাগে নেওয়া হয়। সেখানে চিকিৎসাধীন অবস্থায় বেলা ১১টার দিকে তার মৃত্যু হয়।
তবে রামেক হাসপাতালের পরিচালক ব্রিগেডিয়ার জেনারেল এফএম শামীম আহমেদ জানিয়েছেন, সোমবার বেলা ১১টার দিকে হাসপাতালের জরুরি বিভাগে ওই কারাবন্দিকে আনা হয়েছিল। কর্তব্যরত চিকিৎসক তাকে মৃত ঘোষণা করেন।
এদিকে রাজশাহী জেলা বিএনপির সাবেক সাংগঠনিক সম্পাদক ও বর্তমানে আহ্বায়ক কমিটির সদস্য গোলাম মোস্তফা মামুন বলেন, ময়নাতদন্ত শেষে কারা কর্তৃপক্ষ মনিরুলের মরদেহ পরিবারের কাছে হস্তান্তর করেছে। রাত ৮টায় মৃতের নামাজে জানাজা অনুষ্ঠিত হয়। এরপর রাজশাহীর গোদাগাড়ী উপজেলার গোগ্রাম ইউনিয়নে ৭ নম্বর ওয়ার্ড লালপুকুর কবরস্থানে তার মরদেহ দাফন করা হয়।
গোলাম মোস্তফা মামুন দাবি করেন, বিএনপি নেতা মনিরুল ইসলামের স্বাভাবিক মৃত্যু হয়নি। তিনি মনিরুলের মৃত্যুর কারণ জানতে যথাযথ তদন্তের দাবি জানান।
রাজশাহী মেট্রোপলিটন পুলিশের (আএমপি) উপ-কমিশনার (সদর) জামিরুল ইসলাম জানান, মৃত্যুর পর মনিরুল ইসলামের মরদেহের ময়নাতদন্ত করা হয়েছে। ময়নাতদন্তের প্রতিবেদন হাতে পেলে মৃত্যুর কারণ জানা যাবে। তার মৃত্যুর ঘটনায় রাজপাড়া থানায় একটি অপমৃত্যুর মামলা করা হয়েছে।